晶體管和微處理器的制造技術可以應用于微通道的制造和芯片的集成。因此，微流控技術的歷史帶我們去了第一次月球探險，從我們的打印機頭到我們的醫學應用。

50年代見證了第一個晶體管的發明和發展。微流控技術由半導體制成，逐漸取代了以前用于制造電子設備(收音機、電腦……)的照明器具。

到了60年代，通過預算為250億美元的阿波羅宇宙研究計劃，開展了一個計算機小型化的研究項目，目的是把它帶到宇宙，特別是月球。光刻等技術的發展，使成千上萬個晶體管小型化，可以集成在半導體晶片上，其中主要是硅片。這項研究產生了世界上第一個集成電路，之后產生了第一個微處理器。

80年代，第一個含有機械微元素集成在硅片上的裝置被制造出來，用于使用微電子工業開發的硅蝕刻工藝。這些新器件被稱為微電子機械系統(MEMS)，特別是在壓力傳感器和打印機頭領域得到工業應用。

90年代，許多研究者試圖探討MEMS在生物學、化學和生物醫學領域的應用。這些應用控制了液體在微流控中的運動，推動了微流體技術的發展。一項主要研究是開發芯片上的實驗室，使一個微芯片能夠集成生物、化學、生物醫學反應檢測所需的全部操作過程。當時，許多微流體裝置仍然由硅和玻璃制成，因此必須配置微電子產業的昂貴設備。

21世紀初，壓印成型PDMS等微通道的聚合物技術發展迅速。這些裝置降低了成本，縮短了生產時間，使許多實驗室能夠進行微流體的研究。今天，成千上萬的研究者正在努力擴大微流體的應用領域，特別是生物學、化學和生物醫學領域。